Eskolako gobernu-egituraren antolaketa, Unibertsitate Lege Organikoari eta UPV/EHUko Estatutuei jarraiki, bertako gobernu-organo ezberdinen jarduera koordinatuan dago oinarrituta (hala nola, Eskola Batzarra, zuzendaritza-taldea, Eskola Batzarraren batzordeak, sailak eta administrazio-atalak).
Eskola Batzarra ondoko hauek osatzen dute: zuzendariak (batzarburua), zuzendariordeek, idazkariak, ikastegiko administratzaileak eta eskola osatzen duten talde ezberdinen ordezkariek: irakasleak (16 kide), ikasleak (6 kide) eta administrazio eta zerbitzuetako pertsonala (A.Z.P.) (3 kide).
Eskola Batzarrak hartzen ditu ikastegiko akademi bizitzarekin zerikusia duten funtsezko erabakiak. Eskolako beste organo eta kideak lotu egin behar dira Batzarrak hartutako erabakietara.
Zuzendaria: Eloy López García jauna
Akademia Antolakuntzako Zuzendariordea: José Luís Nanclares López jauna
Ikerketarako eta Kanpoko Harremanetarako Zuzendariordea: Imanol Basterrechea Iribar jauna
Kalitate eta Irakaskuntzaren Berrikuntzarako Zuzendariordea: Inés Pellón González andrea
Ekonomia Gaietarako eta Azpiegiturako Zuzendariordea: Fernando Cayuela Camarero jauna
Idazkaria: Carmen Campo Gillarón andrea
Bai Eskola Batzarrak bai zuzendaritzak zenbait batzorderen laguntza dute, dagozkien eginkizunak aurrera eramateko. Gaurregun diharduten batzordeak hauek dira:
Irakaskuntza ebaluatzeko eta ikasketak baliokidetzeko batzordea
Batzordeburua Akademia Antolakuntzako Zuzendariordea da, eta irakasleen lau ordezkarik eta ikasleen bik osatzen dute.
Euskara-batzordea
Batzordeburua Ikerketarako eta Kanpoko Harremanetarako Zuzendariordea da, eta irakasleen bi ordezkarik, ikasleen beste bik eta administrazio eta zerbitzuetako pertsonalaren batek osatzen dute.
Ekonomi batzordea
Batzordeburua zuzendaria da, eta idazkariak, administratzaileak, Ekonomia Gaietarako eta Azpiegiturako zuzendariordeak, irakasleen bi ordezkarik, ikasleen batek eta administrazio eta zerbitzuetako pertsonalaren batek osatzen dute.